郑芝龙被挟持北上之后，清军马上南下安平十月离开日本的，日本政府本来不允许日本人出海，但是在郑芝龙拥立隆武帝之后，一跃成为南明政权中最有实力的人物，而日本政府仍然视南明政府为中国的合法政府，因而不想得罪郑芝龙，但是日本人好面子，平户岛主便提出一个条件，田川松的次子七左卫门不得离开日本，只允许田川松一人到中国。
田川氏自与郑芝龙结婚后产下郑成功后，此后二十余年与丈夫远隔重洋，后来郑成功又离开日本，便得她更怀念父子俩，终于有机会到中国与丈夫儿子相聚，对她来说，这一天等得太久了。可是田川氏到来时，正值中国巨变，郑氏家族也无法置身事外，隆武政权覆灭，郑芝龙投降后被挟持北上，儿子郑成功退到金门岛，团圆的日子没有几天，眼看又天隔一方了。
清军南下安平，四处烧杀抢掠，郑家本以为郑芝龙降清了，可以躲过这场灾难，不想禽兽清军居然也对郑家下手，一生艰辛的郑成功之母田川松也没能幸免，在被野蛮的清军强暴之后，倔强的田川氏在羞愤之中自杀身亡，有的史料称是自缢，有的称是投水，有的称是切腹，这个日本女人以自己的坚强，为儿子郑成功树立一个宁死不屈的榜样。
当郑成功得悉安平遭清军洗劫的消息之后，他马上率部从金门赶回老家，此时清军已经在洗劫之后撤离了安平。这个因海上贸易而繁华的小镇现在如同一片废墟，尸横遍野，在自己的家中，郑成功找到了母亲的尸体。
面对着母亲的尸体，郑成功悲痛欲绝。在二十二年前，母亲在海边的巨石旁产下了他，在他满月时，父亲因参加颜思齐推翻幕府的活动而被迫外逃，此后几年，母子俩相依为命，母亲对他既是慈祥也是严厉的，不惜将他送到日本武士那里进行严格的训练，只是想让他拥有强壮的身体与坚强的意志。七岁的时候，他含泪离别母亲返回中国，这一别就是十四年，那些日子里，他经常跑到海边，望着日本的方向，思念母亲而暗自流泪，十四年啊，多么的漫长，好不容易终于母子团聚，可是时局的巨变，他又不得不带着军队到前线，没有时间来伺侯在母亲的身旁啊。
国仇家恨，一下子涌上心头，满贼不共戴天。郑成功拔出佩刀，他做了一个令在场所有人都深感震惊的举动，他用刀切开身亡母亲的肚子，将肠子掏出来，洗去污秽，然后再放入腹腔之中。他脸色发青，面无表情，只是青筋暴出，强忍着内心的悲痛与愤恨，然后厚葬母亲。从那一刻起，他是满清最坚决的敌人，只要生命不息，他将战斗不止！
厚葬母亲之后，郑成功来到了南安文庙，他在孔庙内焚烧了曾经穿戴过的儒衣青巾，仰天欷嘘，说道：“昔为孺子，今为孤臣，谨谢儒服，惟先师昭鉴！”他下定决心，告别儒生生涯，他将以崭新的面貌出现在世人面前，从现在开始，他不再是一个文人，而是一个武将，是一个复仇者，他将追随春秋英雄人物程婴、伍子胥的脚步，不惜生命去为国、为家报仇雪恨。
十二月一日，郑成功会同其部将陈辉、洪旭以及阁部的路振飞、曾樱等九十多人，誓师起兵。遥祭隆武帝与皇后，然后宣读誓词：“本藩乃明朝之臣子，缟素应然，实中兴之将佐，披肝无地，冀诸英杰共伸大义。”
郑成功起兵于山穷水尽之时，局面非常困难。在在郑芝龙投降后，郑家军大批投降清军，虽然还有一些将领拒绝降清，但是郑芝龙被挟持之后，这些军队群龙无首，各自为战，割据一方，虽然郑成功是郑芝龙的长子，由于郑成功向来的抗清主张不合郑芝龙之意，所以郑成功一直未能掌握郑家军的兵权，这使得他起兵时，根基十分的脆弱。在郑家军的残余力量中，实力最强的是郑彩的军队，郑彩据守在厦门岛，由于隆武帝被清军所杀，郑彩决定拥护逃往舟山的鲁监国政权，十月二十五日，郑彩派人将鲁王朱以海从舟山群岛迎接到厦门，这样，郑彩便与浙东的鲁监国政权相结合，成为福建抗清力量中的实力最强的一支，福建到浙江的一些岛屿也控制在鲁监国武装力量的手中。
郑鸿逵与郑成功都不承认鲁王政权，郑鸿逵占据金门岛，郑成功则以安平为基地。郑芝龙的部将陈豹占据南澳岛，另一位郑芝龙的部将林察前往广东，这些都是拒绝降清的郑家军残余力量。
此时郑成功所处的局面很不乐观，一来安平这个地方无险可守，很容易受到清军的攻击，相比之下，郑彩、郑鸿逵都退至海岛上，凭借着海军的优势，清军一时很难消灭他们；二来郑成功的武装力量太薄弱，军队人数太少，而且战船的数量也严重不足。父亲庞大的基业，并没有留下太多给儿子。
郑成功首要任务是扩充自己的军队，他先考虑招集父亲的旧部，福建最南部的南澳一直以来是郑芝龙的一个重要基地，郑成功离开安平，前往南澳，作为郑芝龙的长子，忠诚的陈豹对他的抗清事业起到至关重要的作用，他不仅表示愿意效忠郑成功，而且协助郑成功在当地招募兵员，共计有数千人，这成为郑成功的早期武装斗争的基本力量。
福建的郑氏残余力量之所以能获得喘息之机，是因为此时清军的主攻方向转向广东。隆武帝在长汀遇害后，1646年十月十日，桂王朱由榔被推立为监国，建立南明临时政权。然而南明内部的混乱局面又一次重演，十一月五日，隆武帝的弟弟唐王在广州被拥立为皇帝，史称绍武政权。两个南明政权不免又起内斗，争夺帝位，十一月十八日，桂王朱由榔也在肇庆登基，史称永历帝。此时清军已经攻占江西与福建，广东的政局危在旦夕，而两个南明政权却置外敌于不顾，爆发内战。郑芝龙的部将林察便是绍武政权的主要军事负责人，虽然林察指挥海军击败了永历政权的军队，但内战最终使葬送了绍武政权。
清军在佟养甲、李成栋的带领下，由福建突入广东，并于十二月中旬攻克广州，绍武帝被俘虏，绍武政权覆灭，而永历帝则逃到湖南，鹤蚌相争，最终清军成为得利者。
安平只是弹丸之地，郑成功的军队又以水师见长，在这里施展不开手脚，所以他耐心地等候着机会。在1647年的上半年，郑成功主要精力放在训练军队，补充战船，并游弋于鼓浪屿、海澄、镇海卫一带。在这些时间里，清朝方面仍然通过郑芝龙劝降郑成功，郑成功不为所动，并写下一首诗以明心志：“天以艰危付吾俦，一心一德赋同仇。最怜忠孝两难尽，每忆庭闱涕泗流。”郑成功自己加了一个注脚：“太师为满酋诱执，迫成功降。再四思量，终无两全之美。痛愤儿不欲生，惟有血战，直渡黄龙痛饮，或可迎归终养耳。屈节污身不为也。”由于清军大举入粤，在福建的防卫相对空虚，这给福建的南明抗清力量带来了机会。
此时福建的抗清力量有三大部分，其一是郑彩所拥护的鲁监国政权，在闽地抗清力量中实力最强；其二是以郑鸿逵、郑成功为主的原郑家军，拒绝承认鲁监国政权，实力较弱，仅限于金门、安平以及闽南的一些沿海地区；其三是各地纷起的义军，这些义军组织松散，与鲁监国政权与郑氏势力均保持若即若离的状态，虽然人数众多，但各自为战的色彩较浓。
进入1647年后，在福建的鲁监国的武装力量开始出击，从正月开始到六月，鲁监国的军队频频在沿海地区发动进攻，但是这些进攻对清军的威胁并不十分大，从七月份开始，福建抛起一股抗清的高潮，反清义军于七月四日攻克建宁府，之后又攻下建阳、崇安、松溪、政和等地，令清军大为恐慌。
正是在这样的抗清背景下，郑成功这支当时并不醒目的军队，也开始挺进抗清的前线。
七月，郑成功与郑彩联合出击海澄，驻军于祖山头，但是很快清军的援军赶到，在战斗中，郑成功的部将、监军杨期潢战死，首度出师不利。
对于郑成功的出击，他的叔父郑鸿逵有些担心，他写了一封信给郑成功，告诫他首先要保住自己的老巢安平，因为安平是弹丸之地，而且无险可守，如果清军大举进攻，那么安平是很难守住的。郑鸿逵建议郑成功回师安平，乘清军不备之际，进攻泉州，只要夺取泉州，就可以作为长期发展的基地，然后等待机会，养精蓄锐，进而夺取福建。同时郑鸿逵承诺派遣一支军队，以协助郑成功发动泉州战役。
郑鸿逵建议联合郑成功攻占泉州，一方面是福建的抗清运动有了转机，另一方面是由于郑彩与鲁监国政权联合之后，逐渐在福建抗清运动中占据领导地位，如果不积极主动出击，那么日后势必被郑彩与鲁监国集团所吞并。郑成功此时苦于缺少一个可靠的后方，虽然占领了海澄外围的石尾港、九都等地，但未能攻破海澄，所以对郑鸿逵的提议，他积极响应，并很快从海澄返回安平。